Nu is Goro Majima in een moeilijke situatie terechtgekomen. Goro, de beruchte voormalige yakuza, is gestrand op een afgelegen eiland in de Stille Oceaan. Hij weet niet eens meer hoe hij heet, dus Goro gaat samen met Noah, de jongen die hem gered heeft, op zoek naar zijn verloren herinneringen. Al snel raken ze verwikkeld in een strijd tussen meedogenloze criminelen, moderne piraten en andere schurken die vechten om een legendarische schat.

Stel een unieke bemanning samen terwijl je je schip upgrade, verken de open zee, groei uit tot een legende onder een regen van vijandelijk vuur, maak onverwachte vrienden en verdien enorme rijkdommen tijdens je reis. Wanneer een vijandelijk schip op je mikt, ontstaan er spannende real-time kanonslagen. Verplaats je snel om posities in te nemen terwijl je inkomend vuur ontwijkt en richt vervolgens verwoestende schade aan om aan boord van het vijandelijke schip te komen en de bemanning te verslaan in felle gevechten van man tot man. Verover de zeeën, ontdek verborgen eilanden en scoor veel buit als een echte Yakuza-piraat.