Wanneer je beide Joy-Con met de Joy-Con-houder verbindt, kun je ze gebruiken als een traditionele controller. Zonder de houder kunnen beide onafhankelijk van elkaar als twee aparte controllers worden gebruikt. De Joy-Con kunnen elk afzonderlijk verticaal of horizontaal worden gebruikt om te spelen, maar het is ook mogelijk om met één Joy-Con in elke hand te spelen. Stel je voor dat de Joy-Con een glas met ijsblokjes is. Dankzij de HD-trilling voel je bij het bewegen van de Joy-Con hoe de ijsblokjes in het glas bewegen. De infrarood-bewegingscamera van de Joy-Con (R) herkent vormen, bewegingen en de afstand van objecten die de camera ziet. Zo kan het bijvoorbeeld herkennen of een hand momenteel schaar, steen of papier toont. Met deze nieuwe functie zijn er nu meer invoermethoden beschikbaar dan ooit tevoren.